El desenlace de la guerra, y en consecuencia el establecimiento de la República, se produjo en la estratégica región de los Andes centrales en donde, por lo menos desde 1812 a 1815, por efecto de  las rebeliones de Huánuco y el Cuzco, la mayoría de grupos sociales ya habían optado por el separatismo y la revolución. Junín y Ayacucho no fueron simples apéndices de la guerra.